Philippe Roux et son équipe cherchent à comprendre les mécanismes moléculaires par lesquels les oncogènes transforment une cellule normale en cellule cancéreuse. Ces connaissances s’avèrent cruciales pour le développement de nouvelles cibles thérapeutiques et pour décrypter les causes moléculaires de la résistance au traitement.

Thématique de recherche

Les mécanismes de signalisation cellulaire sont essentiels pour que les cellules intègrent les signaux de l’environnement externe génèrent des réponses adaptées. La dérégulation de ces mécanismes par des mutations dans des protéines de signalisation entraînent diverses pathologies. L’un des exemples les plus létaux est le cancer, qui résulte souvent de mutations qui activent des proto-oncogènes (par exemple, KRAS, BRAF, PIK3CA) ou inactivent des gènes suppresseurs de tumeurs (par exemple, PTEN, APC, TP53). L’objectif principal du laboratoire Roux est de décoder les réseaux de signalisation au sein des cellules cancéreuses afin de faciliter le développement de nouveaux traitements anticancéreux.

Objectifs de recherche 

Un objectif important du laboratoire Roux est d’identifier de nouveaux effecteurs de la voie RAS/MAPK, qui est fréquemment dérégulée dans le cancer humain. Le mélanome est particulièrement dépendant de la voie RAS/MAPK, puisque plus de ~ 85 % des tumeurs présentent des mutations affectant l’un de ses composants (par exemple, BRAF, NRAS, NF1). Pour mieux caractériser la voie RAS/MAPK dans le mélanome et afin d’identifier de nouveaux effecteurs, le laboratoire Roux utilise plusieurs approches en protéomique, dont la phosphoprotéomique et l’identification biotine-dépendante de la proximité (BioID). Grâce à ces méthodes, ils ont identifié plusieurs nouveaux effecteurs de la voie RAS/MAPK et prévoient de caractériser leurs fonctions biologiques et leur potentiel en tant que nouvelles cibles thérapeutiques.

Un autre objectif important du laboratoire Roux est d’identifier de nouvelles vulnérabilités des cellules cancéreuses conférées par des oncogènes activés. Pour mieux comprendre le rôle de la signalisation oncogénique dans la tumorigenèse et la résistance aux médicaments, ils ont développé plusieurs modèles cellulaires caractérisés par l’expression des principaux oncogènes humains. À l’aide d’une approche en protéogénomique reposant sur la transcriptomique, la protéomique et le criblage fonctionnel basé sur CRISPR/Cas9, le laboratoire Roux cherche à identifier les vulnérabilités potentielles associées aux oncogènes KRAS, PIK3CA, MYC et HER2.

Enfin, le laboratoire Roux cherche à identifier de nouveaux outils diagnostiques et cibles immunothérapeutiques dans des leucémies adultes et pédiatriques. L’utilisation de thérapies par anticorps dans les maladies humaines, en particulier le cancer, gagne en importance, mais un défi technique majeur consiste à trouver les quelques protéines de surface cellulaire qui fournissent des marques distinctives pour des types de cancer spécifiques. Les progrès récents de la chimioprotéomique ont commencé à surmonter ces limites en combinant le marquage chimique des protéines de surface cellulaire avec la spectrométrie de masse et la purification par affinité (AP-MS). Le laboratoire Roux a adapté ces approches pour identifier et quantifier simultanément les antigènes de surface cellulaire à partir d’échantillons de leucémie myéloïde aiguë primaire (LMA). Un objectif majeur de l’équipe de Philippe Roux est donc de caractériser ces cibles potentielles et de développer une immunothérapie à base d’anticorps.