Après avoir obtenu son diplôme en immunologie à l’Université de Montréal, Etienne Gagnon rejoint le laboratoire de Michel Desjardins en 2000 pour y réaliser ses études doctorales en biologie cellulaire.
Suite à l’obtention de son diplôme de doctorat, Etienne Gagnon réalise ensuite des études postdoctorales dans l’équipe de Kai Wucherpfennig au Dana-Farber Cancer Institute, affilié à la Harvard Medical School. Il se joint à l’équipe de l’IRIC en 2011.