La plateforme de Protéomique fournit une large gamme d’analyses de protéines pour différentes applications en sciences biomédicales. Nous proposons des analyses d’identification et de quantification de protéines afin de déterminer l’évolution de l’abondance des protéines et de leurs modifications (phosphorylation, acétylation, glycosylation, ubiquitylation, SUMOylation) à partir d’extraits cellulaires et de complexes protéiques immunopurifiés.
Notre plateforme propose également des analyses d’immunopeptidome pour identifier les peptides et les néo-antigènes associés aux complexes d’histocompatibilité majeurs issus de cultures cellulaires et d’échantillons biologiques.
L’installation est équipée d’instruments de haute performance LC-MS/MS permettant l’identification de faibles quantités de peptides dans des échantillons complexes et peut combiner différentes méthodes de fractionnement en ligne ou hors ligne pour étendre la portée des analyses protéomiques.
Services offerts :
- Méthodes d’affinité pour l’enrichissement de différentes modifications protéiques (par exemple phosphorylation, acétylation, glycosylation, ubiquitylation, SUMOylation).
- Séparation d’extraits de protéines par électrophorèse sur gel
- Excision de bande et digestion protéolytique
- Digestion en solution avec différentes enzymes (par exemple trypsine, chymotrypsine, Glu-C, Asp-N)
- Fractionnement hors ligne (par exemple, échange de cations, chromatographie basique en phase inverse)
- Analyse de protéines par chromatographie en phase liquide à l’échelle nanométrique / spectrométrie de masse en tandem (nanoLC-MS / MS)
- Analyses protéomiques quantitatives utilisant un marquage métabolique sans marqueur (par exemple, marquage d’isotopes stables par / avec des acides aminés en culture cellulaire, SILAC) et un marquage isobare (par exemple, étiquette de masse Tandem, TMT)
- Identification de protéines à l’aide de LC-MS / MS et analyse bioinformatique à l’aide de différents moteurs de recherche (par exemple, PEAKS, Mascot, MaxQuant)
- Rapport de données pratique et flexible
- Identification des modifications post-traductionnelles
- Formation à l’analyse d’échantillons avec nanoLC-MS / MS pour les étudiants et stagiaires postdoctoraux de l’IRIC
Équipement
Station d’électrophorèse en gel 1D
Station d’électrophorèse en gel 1D (X-cell Surelock Minicell, Invitrogen)
Spectromètres de masse : Q Exactive Plus
Spectromètres de masse : Q Exactive Plus (Thermo), Q-Exactive HF (Thermo) , Q-Exactive Biopharma (Thermo), Tribrid Fusion Orbitrap (Thermo)
Recherches effectuées avec les moteurs Mascot, PEAKS, Andromeda
Recherches effectuées avec les moteurs Mascot, PEAKS, Andromeda (Maxquant)