Formation
Doctorat en biologie moléculaire
option biologie des systèmes
Présentation du programme
Ce programme propose une formation de doctorat en biologie moléculaire, option biologie des systèmes, de l’Université de Montréal.
Le doctorat en biologie moléculaire, option biologie des systèmes, vous offre la possibilité de mener un projet de recherche en adoptant une approche multidisciplinaire qui intègre, dans le contexte de la recherche fondamentale et translationnelle sur le cancer, la biologie moléculaire, la biologie cellulaire, la biochimie, l’immunologie, la bio-informatique, la génomique, la physique médicale, ou encore les aspects plus cliniques de la recherche biomédicale.
Cette formation d’excellence vise à former des scientifiques solides aux expertises variées et capables d’agir en tant que leaders pour repousser les limites de la connaissance dans ce domaine très vaste.
Structure
D’une durée d’environ cinq ans, ce programme vous permet d’acquérir les concepts et la pratique de la biologie des systèmes, tout en étant centré sur la recherche fondamentale ou translationnelle. Cette formation vous prépare à relever le défi d’opérer à l’interface de plusieurs disciplines complémentaires afin d’étudier des questions complexes associées aux maladies multigéniques.
Les cours doivent être suivis pendant les deux premières années de doctorat.
BIM7021A, B, C, D – Conférences en biologie du cancer (trois cours au choix)
Par l’entremise d’une série de conférences hebdomadaires données par des chercheurs de renommée internationale issus de divers domaines de la recherche biomédicale, ces cours visent à 1) vous exposer à différentes techniques et systèmes expérimentaux en biologie moléculaire, cellulaire et structurale, 2) parfaire votre capacité à suivre et à synthétiser les résultats de travaux de recherche présentés dans le cadre d’articles et de séminaires scientifiques, 3) exercer votre jugement critique face aux résultats et aux conclusions présentés dans le cadre d’articles et de séminaires scientifiques, et 4) améliorer vos aptitudes communicationnelles dans un contexte scientifique.
BIM6070 – Pratique professionnelle de la recherche
Ce cours est une introduction à la méthode scientifique en recherche et à l’approche expérimentale. De plus, ce cours vous initie au processus de la critique scientifique, à l’écriture d’un article scientifique, à la rédaction d’un projet de recherche et à la préparation d’une demande de bourse. Ce cours vous encourage également à réfléchir aux enjeux éthiques de la recherche biomédicale en vous incitant à identifier et à discuter des questions éthiques et des situations qui peuvent survenir. Enfin, des conférenciers invités vous présentent des possibilités de carrières reliées à la recherche biomédicale.
BIM7015 – Séminaire de recherche
Dans le cadre de ce cours, vous présentez, sous forme de séminaire de 40 minutes, votre projet de recherche de doctorat. Ce cours a pour objectif de vous enseigner des méthodes pour synthétiser vos travaux de recherche, présenter des résultats oralement et discuter du projet.
École d’été en biologie des systèmes
Les étudiant(e)s qui souhaitent compléter leur formation peuvent également suivre de nombreux cours offerts dans le cadre de l’École d’été en biologie des systèmes.
L’École d’été en biologie des systèmes propose une série de cours théoriques et pratiques uniques à l’Institut et disponibles dans les programmes de maîtrise et de doctorat en biologie des systèmes. Sa particularité est d’être centrée sur les étudiant(e)s de l’IRIC et d’être assurée par les chercheurs de l’Institut.
Les cours se subdivisent en deux catégories : des cours théoriques qui portent sur des sujets liés à la recherche fondamentale et translationnelle sur le cancer, et des cours en laboratoire qui vous permettent de mettre en pratique les connaissances acquises.
Par sa programmation riche et dynamique, l’École d’été permet de mettre en pratique les connaissances transmises par des chercheur(euse)s, de développer une autonomie en laboratoire et de se familiariser avec les équipements et ressources scientifiques offertes à l’IRIC. Vous pouvez ainsi amorcer ou poursuivre vos activités de recherche.
Une bonne connaissance de l’anglais est nécessaire pour suivre les cours de l’école d’été.
École d’été - Cours théoriques
Les cours théoriques couvrent une variété de thèmes liés à la biologie cellulaire et moléculaire du cancer, la génétique moléculaire des eucaryotes, l’immuno-oncologie, les organismes modèles et les approches expérimentales basées sur la biologie des systèmes telles que la biophysique, les nanotechnologies, la protéomique, etc.
BIM6064A - Biologie cellulaire et moléculaire du cancer (obligatoire)
Le cours BIM6064A offre une formation théorique sur la recherche en biologie cellulaire et moléculaire du cancer qui vous permet de comprendre les mécanismes de contrôle de l’expression des gènes et du cycle cellulaire par les voies de signalisation et leur dérégulation dans le cancer. Ce cours comprend les présentations suivantes :
- Expression des gènes : Régulation épigénétique de l’expression des gènes et cancer (par Julie Lessard)
- Expression des gènes :Régulation transcriptionnelle et cancer (par Sylvie Mader)
- Perspectives et défis du déchiffrement de la grammaire des ARN longs non codants (par Martin Sauvageau)
- Biologie moléculaire de la cellule (par Gregory Emery)
- Voies de signalisation (par Gregory Emery)
- Cycle cellulaire : Signalisation et progression du cycle cellulaire (par Sylvain Meloche)
- Évolution clonale des cancers et voies de mitigation au stress (par Trang Hoang)
BIM6064C - Approches des systèmes (obligatoire)
Le cours BIM6064C offre une formation théorique sur les approches des systèmes dans l’analyse de la signalisation cellulaire et la génétique moléculaire. Il vous permet de connaître les approches en biologie des systèmes et leurs contributions à l’avancement des connaissances en biologie et génétique moléculaire du cancer. Ce cours comprend les présentations suivantes :
- Comment écrire une demande de bourse (par Philippe Roux)
- Les modifications post-traductionnelles (par Philippe Roux)
- La protéomique (par Pierre Thibault)
- Cribles génétiques (par Vincent Archambault)
- Approches fonctionnelles par perte de fonction (par David Knapp)
- Nanotechnologie en biologie (par Delphine Bouilly)
BIM6064D - Immuno-oncologie : du laboratoire à la clinique (obligatoire)
Le cours BIM6064D offre une formation théorique sur le ciblage thérapeutique, le développement du médicament, les études cliniques en leucémie et cancer du sein, les cellules souches dans le traitement du cancer, et l’immunothérapie. Il vous permet d’acquérir des notions essentielles en immunologie et en cancérologie et d’être exposés à divers exemples d’applications de la recherche en laboratoire dans le domaine clinique et dans celui du développement de médicaments. En plus de la visite des plateformes d’histologie et de criblage à haut débit de l’IRIC, ce cours comprend les présentations théoriques suivantes :
- Hétérogénéité cellulaire dans l’oncogenèse et réponse au traitement (par David Knapp)
- Cellules souches et traitement du cancer (par Guy Sauvageau)
- Hémopathies malignes (par I. Ahmad)
- Notions générales d’immunologie et présentation antigénique (par Claude Perreault)
- Utilisation de la Drosophile dans la rechercher sur le cancer (par Marc Therrien)
- Comment monter une étude clinique en thérapie cellulaire (par Denis-Claude Roy)
- Fonction des lymphocytes T et immunothérapie du cancer (par Etienne Gagnon)
- La génétique de C. elegans et le criblage de petites molécules (par Jean-Claude Labbé)
- Aberrations chromosomiques / Tests de laboratoire en clinique hématologique (par Josée Hébert)
- Étude de l’immunopeptidome par spectrométrie de masse (par Isabelle Sirois)
- Développement thérapeutique en cancer du sein (par Geneviève Deblois)
- Le poisson zèbre comme système modèle pour le développement de médicaments (par Ruben Marin Juez)
- Modulation pharmacologique de la signalisation : récepteurs membranaires (par Michel Bouvier)
École d’été - Cours pratiques
Les cours en laboratoire présentent diverses techniques liées à la biologie moléculaire, l’analyse cellulaire, l’expression et purification de protéines, l’analyse des propriétés biochimiques et biophysiques des protéines, la génomique fonctionnelle, la bio-informatique et l’utilisation d’organismes modèles. Lors de ces cours pratiques, les étudiants réalisent plusieurs petits projets de recherche qui requièrent l’utilisation des plateformes technologiques de l’IRIC.
BIM6065A - Pratique de biologie moléculaire (obligatoire)
Le cours BIM6065A se donne en laboratoire et a pour objectif d’enseigner les techniques de base en biologie moléculaire de manière à rendre leur usage simple, rapide et efficace. Il a pour objectifs principaux l’apprentissage de la mutagénèse dirigée in vivo, le séquençage d’ADN et les techniques bio-informatiques et les approches « gene-targeting » par les technologies de Gibson assembly et CrispR-Cas9.
BIM6065C - Analyse bio-informatique (obligatoire)
Le cours BIM6065C offre une formation théorique et pratique sur l’analyse bio-informatique et a pour objectif de vous familiariser avec 1) les bases de données, 2) les techniques d’analyse de réseaux, et 3) la modélisation de la structure des macromolécules. Il comprend des présentations théoriques et des travaux dirigés donnant lieu à des exercices divers.
BIM6065D - Génomique fonctionnelle (obligatoire)
Le cours BIM6065D offre une formation théorique et pratique sur la génomique fonctionnelle, les micropuces d’ADN, l’analyse d’expression des gènes et l’immunoprécipitation de chromatine à grande échelle. Il a pour objectif d’enseigner 1) les techniques de séquençage à haut débit, et 2) les techniques d’hybridation sur micropuces d’ADN et analyse des données et d’immunoprécipitation de la chromatine à grande échelle. Ce cours comprend des présentations théoriques et des travaux pratiques donnant lieu à des exercices divers.
BIM6065E - Biochimie des protéines (obligatoire)
Le cours BIM6065E se donne en laboratoire et offre une formation pratique dans le domaine de la biochimie des protéines. Faisant suite au cours BIM6065A, il a pour objectif d’enseigner 1) des techniques pour l’expression et la purification de protéines (chromatographie sur système FPLC) et 2) des techniques pour étudier les propriétés chimiques et biophysiques des protéines (spectrométrie de masse, dichroïsme circulaire et ultracentrifugation). Ce cours comprend des travaux pratiques aux plateformes de protéomique et de biophysique de l’IRIC, des présentations théoriques, des discussions de groupe, ainsi que des exercices écrits.
Un programme de l’Université de Montréal
Collaboratif, le programme vous permet de bénéficier non seulement de l’expertise et du soutien de plus d’une trentaine de professeurs, chercheurs et scientifiques professionnels de l’IRIC, mais aussi de chercheurs issus de différents départements de l’Université de Montréal, du Centre de recherche du CHUM (CRCHUM) et du Centre de recherche de l’Hôpital Maisonneuve-Rosemont (CRHMR).
Pourquoi étudier à l’IRIC ?
Étudier à l’IRIC, c’est accéder à un encadrement unique et personnalisé, à une équipe d’experts en recherche fondamentale, translationnelle et appliquée, ainsi qu’à des infrastructures de pointe permettant d’optimiser les efforts de recherche contre le cancer.